幕府晚期的機關師，三水吉右衛門建造的機關屋。
謠傳，機關屋中藏著夢幻的寶石「暗夜之輝」，
只對能解答出暗號的人顯示它的所在。
這個機關屋收到了怪盜基德的預告信：
「月圓之夜，我將前來鑑賞『暗夜之輝』。」
接受了宅邸主人的委託的柯南與平次，
以及你——負責警備任務的警察官，
必須搶先在基德之前找到寶石，
解開由光影組成，既複雜又奇特的暗號。
但解謎時館內的機關卻突然啟動，
讓平次被困在館內的一角，
更傳來了基德侵入機關屋的警報。
在柯南、平次與你所挑戰的暗號後方，等著你們的是…！
基德的目標又是什麼？